데이터베이스 연구회지(SIGDB)
Current Result Document :
| 한글제목(Korean Title) |
생물학적 반응 네트워크 분석을 위한 불리언 네트워크 모델링 및 시뮬레이션 시스템 |
| 영문제목(English Title) |
A Boolean Network Modeling and Simulation System for Analyzing Biological Reaction Networks |
| 저자(Author) |
박준호
임종태
김동주
이윤정
안민제
류은경
차재홍
유석종
Thai Quang Tung
유재수
Junho Park
Jongtae Lim
Dongjoo Kim
Yunjeong Lee
Minje Ahn
Eunkyung Ryu
Jaehong Cha
Seokjong Yu
Jaesoo Yoo
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| 원문수록처(Citation) |
VOL 28 NO. 03 PP. 0011 ~ 0024 (2012. 12) |
한글내용
(Korean Abstract) |
생명 현상을 지속하기 위해 생체는 유전자 발현 조절에서부터 신호전달 작용까지 복잡한 조절기작으로 구성된다. 이와 같은 생명현상을 이해하기 위해서는 생명현상을 측정하기 위한 새로운 실험 방법과 정밀한 분석법이 필요할 뿐만 아니라 조절기작에 대한 반응 모델링 기법과 전산모사에 대한 통합적인 분석도구의 요구도 증가하고 있다. 본 논문에서는 유전체에서부터 유전자 발현 및 신호전달과정에 이르는 다양한 세포내의 반응을 불리언 네트워크 모델링하고, 서버 기반의 시뮬레이션을 동시에 수행할 수 있는 시스템을 설계하고 구현한다. 제안하는 시스템 불리언 네트워크의 모델링을 수행할 수 있도록 구현하고, 설계된 네트워크를 서버 기반 시뮬레이션을 수행 할 수 있도록 개발한다. 또한 향후 다양한 기능 확장을 보장하기 위해서 플러그인 기반의 설계를 적용하여 새로운 모듈을 추가할 수 있도록 설계한다. 이를 통해 연구자는 유전체 정보로부터 신호전달 네트워크까지 세포 내 조절기작을 통합적으로 모델링하고 정보를 관리할 수 있다. 또한 전산모사를 통해 조절 기작의 이해는 물론 향후 상호작용을 분석할 수 있는 도구로 활용될 수 있다.
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영문내용
(English Abstract) |
A living body is composed of complicated regulation mechanisms ranging from gene regulations to signal transduction to sustain its life. For understanding such life phenomena, an integrated analysis tool that performs techniques and computer simulations on the regulation mechanisms of biological reactions as well as new experimental methods for measuring biological phenomena and high-precision analysis methods is absolutely required the increase. In this paper, we design and implement a boolean network modeling and simulation system using server-side simulation system with OPAL framework. The main advantage of the proposed system is that a researcher can create a biological network using unified modeling canvas of boolean model and perform the massive boolean network analysis. In addition, its plug-in-based modular design framework allows various functional expansions. A researcher may perform the integrated modeling and information management of the regulation mechanisms from genome information to signaling networks through the proposed system. Moreover, it can be utilized as a tool capable of analyzing the interactions between regulation mechanisms as well as the understanding of the regulation mechanisms using computer simulations in the future.
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| 키워드(Keyword) |
시스템생물학
전산모사
생물학적 네트워크
신호전이분석
블리언 네트워크
Systems Biology
Simulation
Biological Network
Signal Transduction Analysis
Boolean Networks
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